产品亮点
峰科基因解决方案是适用于基因组学的所有功能于一身的计算解决方案。它使用阿里云上高端FPGA 加速器,以及来自峰科的软件增强功能,可以为大多数计算密集型基因组学算法优化 FPGA 加速流程。通过保持与原始GATK使用方法一直,提供一种简单、直观的用户接口,其结果是获得一个强大和用户友好的基因组分析解决方案。
解决方案速览:
• 单样本方案的处理时间缩短超过 70%
• 包括所有熟悉基因组学工具的标准版 CPU版本
• 还包括为 FPGA 运算专门定制的峰科增强版 GATK 和 BWA 软件
• 预设工作流程,可以减少管理负担
产品说明
峰科基因镜像包括如下组件:
- 峰科基因分析软件fcs-genome,安装在FALCON_DIR=/usr/local/falcon
- 基于阿里云的自动配置脚本,安装在/root/setup.sh
- 峰科软件所需系统组件,以及FPGA调用所需系统配置。
准备工作
1. 申请一台云服务器(推荐使用FPGA服务器)
2. (可选)挂载云盘,峰科加速基因软件对本地存储有较高存取吞吐率要求,建议使用超高IO本地云盘存储输入输出和临时文件以最大化分析性能。
3. 确认临时文件存储目录,并确保临时目录有足够可用空间,一般情况下,峰科加速软件运行过程中会产生临时文件,大小为输入FASTQ.GZ文件的3到5倍。
4. 配置峰科软件License的环境变量$LM_LICENSE_PATH。此环境变量既可以指向文件,也可以是远程地址:<port>@<hostname>。默认情况下本镜像已包含已有License配置。如果License配置错误或者License已过期,将会出现如下提示:
[fcs-genome] ERROR: Cannot connect to the license server: -15
[fcs-genome] ERROR: Please contact support@falcon-computing.com for details.
如需获取最新License请联系峰科销售,或者发邮件至support@falcon-computing.com
镜像配置可通过运行自动配置脚本完成,此脚本包含峰科基因软件所需临时目录配置以及参考基因预处理配置。登陆云服务器后,按如下命令运行配置脚本:
> cd /root/
> ./setup.sh
售后支持范围
售后服务范围为产品使用方面的技术支持,售后支持时间范围为合同期范围内